1．鼻咽癌病因发病分子机制研究
　　以分子、细胞、整体三个不同层次的有机结合以及研究癌变过程基因网络调控为特色，研究鼻咽癌相关基因动物模型、EB病毒与宿主关键基因的相互作用以及化学致癌物代谢酶基因多态性与鼻咽癌遗传易感性的关系。

　2．鼻咽癌发病相关基因的克隆及其功能研究
　　以“疾病基因组学”的新概念、新研究策略为特色，采用表型克隆，定位候选克隆策略和生物信息学方法，分离克隆鼻咽癌相关基因，研究基因结构和表达调节异常在鼻咽癌发生发展中的作用。

　3．肿瘤蛋白质组学研究
　　以蛋白质组学的新概念、新技术研究策略为特色，建立鼻咽癌和肺癌等恶性肿瘤的蛋白质组学数据库，并从差异蛋白质组研究角度分析鼻咽癌或肺癌的相关或特异蛋白质（群）及其结构和功能，为鼻咽癌或肺癌的分子机理研究和诊断治疗提供科学依据。

　4．基因工程抗体及肿瘤免疫治疗研究
　　以基因工程和蛋白质工程技术进行恶性肿瘤特别是鼻咽癌和大肠癌的基因工程抗体、基因工程疫苗以及免疫基因治疗研究，探索恶性肿瘤的免疫诊断、免疫治疗的新方法和机理。

　5．败血症休克及心肌缺血的分子机制研究
　　研究内毒素休克基因表达谱的改变及内毒素激活单核-巨噬细胞的细胞内信号转导途径；以热休克蛋白基因调控及其分子伴娘功能为重点，探讨心血管细胞抗缺血缺氧操作的内源性保护机制。

　6．肺脏分子病理研究
　　以肺纤维化发病机制与临床病理生物学行为为研究内容，重点从分子、细胞和整体细胞模型不同层次研究细胞外基质生成机制，探索肺纤维化治疗的新策略。

　7．肝脏分子病理研究
　　以肝炎病毒致肝癌的分子机制为主要研究内容，从分子、细胞和整体动物模型等不同层次研究肝炎病毒的致癌机制，为探寻肝癌防治的新策略提供理论依据。

　8．胃肠肿瘤病理
　　重点研究胃肠癌的病因发病机制及其基因谱的改变。从临床病理、整体动物模型、组织、细胞和分子等不同方面或层次进行研究，并探讨免疫或基因诊断和治疗的新方法。